Le besoin d'établir une autorité toponymique au Canada s'est fait sentir dès la fin du XIXe siècle. La cartographie des ressources au-delà des régions habitées ainsi que les vagues d'immigration successives ont souligné l'urgence d'une saine gestion des noms géographiques du pays, ce qui signifiait normaliser leur orthographe et leur application à des entités particulières.
La Commission de géographie du Canada a donc été créée en 1897, pour être remplacée par la Commission canadienne des noms géographiques en 1948. Cet organisme a été réorganisé en 1961, et on lui a alors donné le nom de Comité permanent canadien des noms géographiques (CPCNG). En mars 2000, le Comité devint la Commission de toponymie du Canada (CTC).
Peu après 1897, les provinces et les territoires ont été invités à donner leur avis en ce qui concerne l'utilisation, l'orthographe et l'attribution des noms géographiques, mais les décisions finales revenaient à Ottawa. À partir de 1961, toutefois, la responsabilité de nommer les lieux a été transférée aux provinces. Depuis 1979, le pouvoir de décider des toponymes à utiliser dans les réserves indiennes, les parcs nationaux et les réserves militaires appartient conjointement au ministère fédéral compétent et à la province en cause. Enfin, en 1984, le Yukon et les Territoires du Nord-Ouest ont pris en charge la responsabilité toponymique de leur espace administratif respectif.
De nos jours, les principaux rôles dévolus à la CTC à titre d'organisme national de coordination sont, entre autres, d'élaborer des politiques uniformes concernant le traitement et la terminologie des toponymes, de promouvoir l'utilisation des noms officiels et de favoriser l'élaboration de normes internationales, en collaboration avec les Nations Unies et d'autres autorités nationales chargées de politiques et des pratiques relatives à la toponymie.